Hloubka nádrží a míra kolísání úrovně vodní hladiny je jednak spjata s mnoha managementovými chybami a současně je opředena řadou mýtů, předsudků a polopravd. Celá problematika a obecně chybné představy a předpoklady se dají rozdělit do tří samostatných celků:

1. Kolísání vodní hladiny by mělo být minimalizováno.

2. Velká hloubka je nezbytnou součástí každé biologicky hodnotné tůně.

3. Totální vyschnutí je pro organismy tůně krajně nežádoucí a kvalitní tůň by neměla vyschnout.

Kolísání úrovně vodní hladiny v průběhu roku – zóna periodického zaplavování

Hned na úvod je nutno říci, že kolísání úrovně vodní hladiny v průběhu roku je přirozený jev a je velmi žádoucí až nezbytné pro správné fungování nádrže, aby se tak dělo na co možná největší ploše nádrže. Obecně panuje představa, že vodní hladina by neměla v průběhu roku příliš kolísat, což je vnímáno jako něco škodlivého a nežádoucího pro docílení biologicky hodnotné tůně. Možná máme podvědomou představu, že co se ve vodě vyvine, tak po ústupu vody zahyne nebo je silně narušeno v potřebném vývoji. Zcela běžně a přirozeně může v létě hladina klesnout i o více než půl metru vlivem odparu a průsaky podložím. U mělčích nádrží a v sušších letech může dojít až k úplnému vyschnutí. U nádrží, které nejsou celoročně dotovány vodou z toků dochází ke kolísání hladiny téměř vždy. V zimě a časně zjara při tání sněhu dosahuje úroveň hladiny svého maxima, v pozdním létě před příchodem podzimních dešťů svého minima. Mezi těmito úrovněmi hladin je velmi zajímavá zóna, která je biologicky nejrozmanitější v rámci tůně a pro správné fungování tůně je nesmírně důležitá. Důležitost tkví v následujícím:

1. Jde o naprosto zásadní zónu pro vodní rostliny. Semena většiny vodních rostlin vyžaduji k procesu klíčení  přístup k atmosférickému vzduchu, což jim tato zóna zaručuje.

2. Pro řada vzácných až velmi vzácných rostlin je tato zóna a její charakteristický režim klíčovým habitatem, kde je soustředěn jejich výskyt.

3. Ve fázi zaplavení zóny vodou jsou zde zcela ideální podmínky pro existenci řady plně akvatických organismů nebo pro existenci vodní fáze ontogenetického vývoje. Je zde hlavně dostatečně vysoká teplota a oslunění. To vede k rozvoji nižších i vyšších rostlin, což jednak vytváří širokou základnu potravního řetězce a dále poskytuje úkryt před predátory, případně predátorům zabraňuje v přístupu do této zóny (ryby).

4. Protože se jedná o přechodnou zónu mezi vodou a zemí, jsou zde ideální podmínky pro semiterestrické živočichy, kteří v jednom ontogenetickém stádiu vyžadují jak vodní, tak suchozemský biotop.

Protože je periodicky zaplavovaná zóna tak důležitá, tak značně přispívá k podpoře biologické hodnoty nádrže. Současně je ale velmi citlivá a náchylná na poškození nevhodnými zásahy:

1. „Opravné“ prohloubení a sešikmení (zestrmění) břehů vedoucí k redukci této plochy.

2. Nevyužívat tuto zónu jako odkladiště vytěženého materiálu při údržbě a obnově nádrže.

3. Údržba by měla probíhat vždy jen na omezené části plochy, nikdy ne ve velkém rozsahu.

Pokud jsou okraje příliš strmé, je žádoucí rozšířit záplavovou zónu odtěžením okrajů a vytvořením mělkých partií. Čím menší je kolísání vodní hladiny, tím plošší by tato zóna měla být pro docílení její dostatečné velikosti (plochy) a potřebného efektu z toho plynoucí. Žádoucí je též vytvořit nerovnosti a zvlnění dna této plochy pro zajištění drobných mělkých tůněk nežli pravidelné vyspádování. Jen tak získáme mimořádně atraktivní a hodnotnou plochu.

Široká a členitá zóna pravidelního zaplavování je základem biologicky hodnotné tůně.

Tůně se často nevhodně plánují a budují takovým způsobem, aby plocha hladiny byla v průběhu roku víceméně stále stejná. Tůň je na většině své plochy hluboká (více než řekněme cca 30 cm), až velmi hluboká (nad cca 1 metr). Společně se strmými břehy je výsledkem velmi úzká mělká zóna na okrajích nádrže, kde dochází k tak žádoucímu kolísání vodní hladiny. Sklon břehů 20 - 30° je příliš velký. Zóna s hloubkou od 0 - 10 cm je široká pouze cca 35 cm, což je naprosto nedostatečné pro tak důležitou zónu. Ideální je sklon cca 5° a méně. V extrémním případě může být tůň provedena jako průtočná s trvalým napojením na povrchový tok, který zajišťuje neustálý přísun vody nahrazující okamžitě její ztráty. Záměrně budovaný přepad s usměrněným odtokem přebytečné vody pak zajišťuje stabilní výšku vodní hladiny. V takovém případě je zóna pravidelného zaplavování nulová. Tůň tak přichází o jednu z předností oproti rybníkům. Neříkáme, že je to zcela špatně, jen to není obecně ideální. Rizikem pro tůně napojené na tok je rychlá kolonizace rybími predátory, což je nežádoucí. Pokud není možno tůň vypustit, je náročná jejich elimimace.

Tůň, která výrazně mění plochu, případně vyschne úplně, může být vnímána jako tůň „nepovedená“ a tudíž bezcenná. Pokud je navíc budování financováno z dotací, může být realizátorem preferována varianta tzv. na jistotu, tedy realizovat přesně definovanou plochu hladiny, která bude víceméně stále stejně velká. Sníží se tím případné riziko neuznání dotace z důvodu nedostatečné plochy, pokud kontrola proběhne v době nejnižšího stavu vodní hladiny. Zejména nepoučenou laickou veřejností je pak výrazné kolísání hladiny a tím i celkové plochy tůně, případně úplné vyschnutí tůně, vnímáno s rozpaky, v horším případě s dojmem mrhání peněz za „díru“, která vysychá a ani neudrží vodu. Tento pohled na věc je přenesením našich zkušeností nebo zaběhnutých stavů věcí z rybníků.

Široké partie velmi mělké vody jsou základem kvalitních tůní. Poměr hloubky a délky menší jak 1 : 10 není příliš ideální. Při poměru 1 : 10 je zóna od 0 do 10 cm hloubky široká pouze jeden metr. Ideální je poměr 1 : 20, což je sklon cca 3°.

Při navrhování a budování (nejen) vodních objektů jsme navyklí mít přesně stanovené pevné hranice a definované body. V případě vodních nádrží to znamená mít přesně definovanou úroveň výšky vodní hladiny a pevný charakter břehové linie. Projektanti projektující tůně přebírají teoretické znalosti i praktické zkušenosti s budováním rybníků do projektování a budování tůní. To je ale zásadní omyl a chyba! Tůně nejsou a nesmí být zmenšeninou rybníků! Kolísání úrovně hladiny odlišuje tůně od rybníků. Je to jejich specifická a žádaná vlastnost, která řadě organismů v klasických rybnících chybí. U plnohodnotných mělkých nádrží s výrazným kolísáním hladiny je břehová linie vždy jen přibližná a neustále se měnící. V reálu vlastně nelze ani říci, kde tůň začíná a kde končí. Určení přesné aktuální hranice navíc často brání vegetace. Vodní a suchozemské prostředí je zde natolik provázáno, že pevná hranice neexistuje.

Pozvolné břehy vedou k širokým mělčinám, do kterých je soustředěna hlavní biologická aktivita - náš cíl. 

Za zmínku určitě stojí i vhodná česká terminologie zóny periodického zaplavování. Při bližším zkoumání zjistíme, že vlastně ani nemáme vhodný ustálený český výraz, který by plně vystihoval zónu periodického zaplavovaní. Zjistíme, že takový termín prakticky neexistuje. V angličtině má svůj specifický název, tedy „drawndown zone“. V češtině se však setkáváme pouze s klasickými termíny rozčleňující litorál (mělčinu a příbřežní zónu) na další podzóny jako epilitorál, supralitorál, eulitorál a infralitorál. Toto členění ale předpokládá stabilní výšku vodní hladiny bez jejího kolísání. Absence vhodného výrazu tak opět naznačuje, že obecně nepovažujeme tuto zónu za nějak zásadní a důležitou a že si neuvědomujeme dostatečně její význam.

Mělké zóny do 30 cm jsou velmi žádaným biotopem většiny organismů žijících v tůních.

Hloubka nádrže

Panuje obecná představa, že jenom tůň s celým rozsahem hloubek od mělčin po hluboké partie zaručí maximální biologickou diverzitu. Mělké tůně bez hlubokých zón (nad cca 0,8 – 1 metr) jsou tak považovány za nestandardní, které k tomuto cíli nepovedou. V extrémním případě jsou za plnohodnotné tůně považovány pouze takové, které mají rozsáhlé plochy hlubokých zón s minimem mělčin. Dosavadní výzkumy z jiných evropských zemí však ukazují opak:

1. Jednak, že mělké tůně jsou minimálně stejně, častěji však více biologicky hodnotné, než hluboké tůně.

2. Mělké a hluboké tůně hostí trochu odlišná společenstva. Jak mělké tak i hluboké tůně jsou tedy hodnotné a mají plné právo na svojí vlastní existenci. Mezi mělkou a hlubokou nádrží pochopitelně neexistuje žádná přirozená ani dohodnutá hranice.

Hluboká zóna není nutnou podmínkou a základním předpokladem biologické bohatosti tůně. Je nutné zdůraznit, že mělké zóny jsou obecně daleko biologicky bohatší a aktivnější než zóny s hlubokou vodou. Valná většina organismů žije u břehů do 30 cm hloubky, většině dokonce postačuje  hloubka do 10 cm. Je zde příhodnější teplota, úkryt poskytovaný rostlinami, malý predační tlak ze strany ryb, dostatečné oslunění, kratší vzdálenost k hladině pro organismy dýchající vzdušný kyslík. Při budování tůní a jejich managementu se proto zaměřujeme na tvorbu, rozvoj a udržení zejména těchto partií. Nesnažíme se docílit velkých hloubek nad cca 1 až 1,5 metru. I z ekonomického hlediska je výhodnější budovat mělčí nádrže. Není potřeba odtěžovat tak velké množství zeminy a řešit problém, kam jí deponovat nebo draze odvážet. Menší objem vytěžené zeminy z mělčích nádrží daleko snáze rozhrneme do okolí nádrže bez vzniku nepřirozených valů zejména při nedostatku prostoru v okolí tůní např. v blízkosti botanicky významných ploch, které není žádoucí zahrnout vytěženou zeminou. Management by se neměl zaměřovat na prohlubování mělkých zón. Vizuálně se nám může v době vegetace zdát, že tyto partie jsou bez vody. Rozvoj vegetace může být tak mohutný, že jen obtížně rozpoznáme, kde je ještě voda a kde už začíná souš. To může vést ke snaze tyto zóny prohlubovat a docílit tak plochy s volnou vodu bez emerzní vegetace. V tom ale právě tkví bohatost této zóny - mohutný rozvoj vegetace a na ní vázané další organismy. Hluboké nádrže pochopitelně nejsou bezcenné, jsou ale určeny spíše pro menší spektrum organismů. Hlubší nádrže  (1 - 1,5 metru) buduje:

1. Pokud jsou součástí komplexního opatření mnoha tůní rozdílných velikostí, tvarů atd. 

2. Pokud chceme z jakéhokoli důvodu docílit dlouhodobou existenci volné vodní plochy (estetické hledisko, druhy vázané na volnou vodní plochu) zejména v místě, kde nedochází ke spásání porostů emerzní vegetace býložravci.

3. Je-li ztráta vody v průběhu roku velmi velká amy chceme, aby tůň obsahovala vodu alepoň po určitou minmální dobu.

4. Je-li zde předpoklad rychlého zanášení tůně nebo chceme maximalizovat dou, po kterou bude tůň existovat.

5. Pokud chceme docílit zastoupení širokého spektra jednotlivých skupin organismů od bezobratlých, obojživelníků, ryb až po vodní ptactvo.

V každém případě by měly být hluboké nádrže spíše větších rozměrů (řekněme nad 10 x 10 m) a vždy by měly mít dostatečně velkou zónu mělké vody, což jde ruku v ruce. Budování tůní s hloubkou 1,5 – 3 metry (nebo dokonce více) nemá žádný velký význam a k podpoře biologické diverzity nijak zvlášť nepřispěje.

Hluboké nádrže mají v přírodě určitě své nezastupitelné místo, je ale potřeba se spíše soustředit na tůně mělké, což zanedbáváme.

Pravidelně vysychající (periodické) tůně

Samostatnou kapitolu představují tůně pravidelně každoročně vysychající. Dá se říci, že celá plocha tůně se nachází v periodicky zaplavované zóně. Pro svá specifika z pohledu budování, managementu, biologických procesů, mimořádné náchylnosti na změnu hydrologických podmínek a dalších hledisek jim věnujeme samostatnou kapitolu.