Periodické (synonyma temporální, efemérní, dočasné) tůně jsou natolik výjimečné biotopy, že jim věnujeme samostatnou kapitolu, neboť si to poprávu plně zaslouží. Periodickými tůněmi rozumíme vodní tělesa, která zpravidla každoročně vysychají. S příchodem podzimních dešťů doprovázených nízkým odparem dochází k zaplavování tůní vodou. To je dále umocněno kumulací sněhu v zimním období a následným dotováním tůní vodou z tajícího sněhu v jarním období. V časně jarním období je půda zmrzlá a voda z tajícího sněhu se jen velmi omezeně vsakuje, převážně povrchově odtéká mimo jiné i do tůní. Bezprostředně po roztátí sněhu jsou tůně na plném vodním stavu. Zadržují v této chvíli největší objem vody, jsou nejhlubší a plošně největší. V této souvislosti je nutné se zmínit o možném vlivu globálních klimatických změn, kdy nedostatečné množství naakumulovaného sněhu (malé srážky, vysoké zimní teploty) může mít za následek podprůměrné naplnění tůní. To může vést k častějšímu brzkému vyschnutí tůní. Následkem může být například snížení četnosti úspěšného larválního vývoje a pokles početnosti jedinců populací s náchylností na vyhynutí náhodnými (stochastickými) událostmi, na které by byly jednotlivé populace relativně resistentní. Jde o příklad plíživého a na první pohled nezjistitelného negativního vlivu globálních změn. Tůně v inundačních (záplavových) zónách toků mohou být také dotovány vodou z rozlivů těchto toků nebo vzestupem spodní vody. Pak následuje období postupného vysychání, kdy je přísun vody nižší než její úbytek daný vsakem a odparem. Tato fáze může trvat různě dlouho zpravidla od několika týdnů po několik měsíců. Meziroční rozdíly jsou velké a vše záleží zejména na srážkových a teplotních poměrech toho kterého roku. V mimořádně na srážky vydatných letech může vodní fáze trvat i několikanásobně déle než ve srážkově chudém roce. Meziroční rozdíly v různě dlouhé fázi zadržování vody (často i výrazně) je přirozenou vlastností těchto vodních těles nebo biotopů. Také se pochopitelně stává, že v určitých letech některé tůně vůbec nevyschnou a plynule přechází do nové periody zavodňování. Tůně svých charakterem vysychání/nevysychání mohou balancovat na hraně mezi periodickým a trvalým charakterem. Ostrá hranice mezi periodickými a trvalými tůněmi pochopitelně neexistuje. Naopak i trvalým tůním se může stát, že jednou za 10 - 15 let zcela vyschnou. To je přirozené a ve výsledku dokonce i prospěšné. Nemělo by nás to znepokojovat. Průzkumy ukazují, že žádná z těchto událostí nevede ve svém důsledku ke ztrátě biologické hodnoty ve smyslu ztráty druhové rozmanitosti. Naopak napomáhá eliminovat možné nežádoucí faktory jako například přítomnost ryb nebo nedostatek kyslíku spotřebovaného rozkladem velkémo množství organických látek (listí, větve). Následně po zaplavení  je kvalita takové tůně minimálně stejná nebo vyšší. Ohledně saturace periodických tůní vodou není žádnou výjimkou, pokud se již zcela vyschlá tůň opětovně alespoň částečně naplní zejména po přívalových deštích v letním období. Zejména to platí o tůních v otevřeném terénu mimo les a po déletrvajícím suchu, kdy je omezena schopnost půdy absorbovat velké přísuny dešťové vody, která po povrchu stéká do tůní. I to je pochopitelně přirozené a přispívá k svébytnému charakteru těchto biotopů.

Díky každoročnímu vysychání dochází k intenzivního prokysličování dna vzdušných kyslíkem. Rozklad organické hmoty tak může být rychlejší než její přísun z okolí. Ve výsledku nedochází k tak rychlému zanášení a procesu zazemňování jako u tůní trvalých. Vše ale záleží na poměru intenzity přísunu zejména listí a dřevní hmoty a délce trvání suché fáze bez vody. V extrémních případech mohou periodické tůně přetrvávat tisíce let.

Pro pochopení ochrany a management periodikých tůní je nutno pochopit fungování těchto tůní z ekologického pohledu. Všechny organismy obývající periodické tůně jsou na opakující se režim zaplavení a vyschnutí evolučně přizpůsobeny. Řada z nich je na tomto režimu natolik existenčně závislá, že bez něho nemohou existovat. Při změně podmínek, zejména směrem k trvalému přetrvávání vody, je to neslučitelné s jejich další existencí na daném místě. Naopak tento režim nevyhovuje řadě jiných organismů, zejména z řad vysoce konkurenceschopných, často i invazních. Specifické podmínky jsou důvodem, proč konkurenceschopné druhy nevytlačí ty méně konkurenčně schopné druhy periodických tůní. Vyschnutí jsou organismy přizpůsobeny například tvorbou klidových stádií (vajíčka, semena), zahrabáním do substrátu dna nebo migrací do jiných tůní. Další druhy organismů se mohou v periodických tůních vyskytovat, ale pokud například tůň v určitém roce příliš brzy vyschne, dochází k jejich úhynu. To je nedílnou součástí života (nejen) v periodických tůních. Typickým příkladem jsou obojživelníci. Příliš brzké vyschnutí v suchých letech ve svém důsledku vede k úhynu pulců a nemusí tak vůbec dojít k produkci a metamorfóze nové generace jedinců. Není to nic neobvyklého nebo špatného. Jeden rok to nevyjde, ale druhý rok již třeba ano. Dané druhy se zde vyskytují nebo reprodukují, protože buď jinou možnost nemají (malá nabídka jiných vhodných vodních biotopů) nebo i přes časté reprodukční selhání v důsledku vyschnutí přináší tyto biotopy své výhody například v podobě absence predátorů. Vysychání představuje tvrdou selekci, která "nutí" druhy k evolučnímu vývoji přizpůsobování se specifickým podmínkám periodických tůní (např. zkrácení doby vývoje, přerušení vývoje).

Z výše uvedeného vyplývá, že jakékoli naše snahy ve smyslu přesunu zvířat nebo umělého plnění tůní vodou pro "záchranu" zvířat ve vysychající tůních jsou zbytečné až nežádoucí (snad s výjimkou výchovného efektu na děti ve vytváření si obecně kladného vztahu k přírodě). Je to zbytečné vměšování se do přirozených procesů s mrháním času a finančních prostředků.

V našich podmínkách nejčastěji známe periodické tůně v záplavových zónách vodních toků, zejména v teplých částech republiky. Tyto tůně jsou nesporně významné a zaslouží si naší pozornost. Též zde ale hovoříme o jiném druhu tůní. Těmi jsou vodní tělesa sporadicky se mohou vyskytovat volně v krajině v terénních sníženinách. Takové tůně jsou zpravidla velmi mělké, často i rozsáhlé s velmi pozvolnými břehy. Některými nemusí být ani vnímány jako tůně. Často jsou brány jen jako velké louže, které nemají odtok a postupně vysychají. Nejčastěji je známe z jara, kdy se objevují na obhospodařovaných plochách. Takováto tělesa, která by byla zasazena do krajiny mimo obhospodařované plochy jsou nesmírně zajímavá a prospěšná a v naší krajině prakticky chybí a jsou obecně neznámé. Co brání jejich realizaci v rámci revitalizačních projektů?

Věnovat samostatnou kapitolu pouze periodickým tůním jsme se rozhodli i z toho důvodu, že jsou nepráven opomíjeny na úkor trvalejších vodních biotopů. Máme pocit, že jejich specifickou teoretickou i praktickou ochranou, managementem a budováním se u nás prakticky nikdo byť jen okrajově nevěnuje. Současný směr ochrany tůní se zaměřuje spíše na budování trvalých a hlubších nádrží. Hlavní hrozbou již existujích nádrží je jejich nerozvážné prohlubování a posun k tůním trvalým.