Tůně jsou existenčně nestabilní biotopy, které samovolnými přírodními procesy vznikají a zanikají. Zánik je způsoben především kumulací materiálu na úkor vody. Tento proces zanášení tůní se nazývá zazemňování. Mezi ty nejvýznamnější procesy vedoucí k zazemňování patří:

1. Spad organického materiálu z břehových porostů okolních terestrických biotopů, zejména listí a větví.

2. Produkce organické hmoty v tůních a její ukládání na dně. Čím je voda úživnější (obsahuje více a širší paletu živin) a čím více je exponována slunečnímu záření, tím větší je zpravidla produkce organické hmoty a tím větší je míra zanášení. Předpokladem je, že proces produkce organických látek je větší než prodes jejich rozkladu.

3. Větrný transport organického (např. pyl, semena) i anorganického (např. prach) materiálu a jeho ukládání v tůních.

4. Sesuvy břehových partii a přesun materiálu dna do hlubších partií vlivem organismů a gravitace (změlčování hlubokých partií).

5. Pokud jsou tůně napojené na vodní tok, tak jsou zanášeny snosem materiálu z horních partií toku. Zanášení tůní napojených na tok může být až o několik řádu rychlejší než u tůní nenapojených na tok. Z tohoto i jiných důvodů se vyhýbáme napojování tůní na toky. Více o této problematice v sekci Budování nových tůní.

Zazemňování může trvat různě dlouhou dobu od několika málo let po několik tisíciletí. O délce zazemňování rozhodují tyto hlavní faktory:

- velikost a hloubka tůně (objem vody)

- míra přísunu materiálu z okolí a míra jeho vzniku v tůni

- celkové klima a geologické poměry (teplota, srážkové poměry, délka slunečního svitu, intenzita a směr větru, charakter geologické podloží atd.)

Běžné trvalejší vodní tůně o velikosti do několika desítek metrů čtverečních s maximální hloubkou do 30 cm zanikají zhruba do 20 let. Délka zazemňování je značně proměnlivá a záleží na konkrétních podmínkách. Důležitá je zejména míra vyychání. Trvalé tůně se obecně zanášejí rychleji než tůně dočasné. Při vyschnutí tůně je k organickému materiálu umožněn přístup vzduchu s kyslíkem a tím je daleko intenzivnější proces oxidace materiálu, jeho rozpad a rozklad na základní prvky nebo látky, které unikají do ovzduší. Může se zde uplatňovat i transport materiálu mimo tůň. U trvalých tůní je organický materiál (listí, větve, odumřelé vodní rosltiny) ukládán na dno a překrýván dalšími vrstvami materiálu, což znemožnuje dostatečný přísun kyslíku pro jeho rozklad (anoxické prostředí). Ten je tak často velmi pomalý, pomalejší než přísun materiálu nového. Tím dochází k jeho kumulaci a vrstvení. Pokud tedy nejsou tůně přirozeně nebo uměle obnovovány, nahradí je postupně suchozemský biotop. Obnova je tak základním přepokladem trvalé existence tůní.  Tento fakt by měl být vždy zohledněn při sestavování plánů péče o území s tůněmi.

Tímto se dostáváme k zásadní otázce, zda tůně obnovovat nebo je ponechávat k úplnému zazemnění a jako náhradu budovat tůně zcela nové. Odpověď zní, že obojí je důležité. Výhradní preference pouze jednoho nebo druhého přístupu není správná. Je nutné pokud možno oba přístupy kombinovat, protože každý z nich má své přednosti, ale současně i nevýhody a rizika. Faktickou nevýhodou budování nových nádrží je skutečnost, že musíte mít k dispozici vhodná místa z pohledu zadržování vody a minimálního rizika poškození nebo zničení okolních suchozemských biotopů. Postupně můžete dojít do stavu, že už není kam umístit nové nádrže a je tak jako tak nutno přistoupit k obnovování těch stávajících. Také můžete být limitováni administrativní stránkou věci jako je nesouhlas vlastníka pozemku s budováním nových tůní nebo nesouhlas příslušných úřadů související například s nemožností budovat tůně v ochranných zónách inženýrských sítí nebo v zátopových oblastech. Budování nových tůní se tak bude uplatňovat zejména v počátcích péče o území. Zejména to platí za situace, kdy  není možné obnovovat stávající tůně, ať už je důvod jakýkoli a za další v případě, kdy se v zazemňujících tůních vyskytují vzácné organismy. Těm mohou podmínky zazemňující se tůně vyhovovat nebo naopak zde přežívají zbytkové populace v pro ně nepříznivých podmínkách. Pak zemňující se tůně slouží jako zdrojové tůně jedinců pro nově budované nádrže. Obnova tůní by v obou případech mohla vést z vymizení vzácných druhů. Postupem času bude ustupovat význam nebo možnosti budování nových tůní a naopak poroste význam obnovování tůnístávajících.

Obnova tůní není nic nepřirozeného. V podstatě pouze nahrazujete přírodní procesy, které už v současné krajině nefungují, zejména vybrežování toků a přirozená změna koryta toků.

Při obnově tůní je vždy potřeba postupovat opatrně s vědomím, že zasahujeme do existujícího biotopu, který chceme zachovat nebo zlepšit jeho stav a kde se mohou vyskytovat velmi vzácné a ohrožené organismy. Nevhodný zásah může mít negativní vliv na organismy a být příčinou poklesu jejich početnosti nebo dokonce vymizení. Z hlediska potenciálního rizika obnovovacího zásahu můžeme pracovně rozlišovat tři kategorie lokalit, mezi kterými pochopitelně nejsou ostré hranice:

1. Lokality v intenzivně obhospodařované krajině, biologicky průměrné až podprůměrné s výskytem běžných druhů

Takové lokality jsou často v intenzivně obhospodařované krajině. Vyskytují se v bezprostřední blízkosti polí nebo osamoceně přímo v nich bez návaznosti na okolní přírodnější biotopy. Lokality jsou nebo mohou být přímo negativně ovlivňovány zemědělskou činností formou zněčištění z používaných hnojiv a pesticidů. Lokality jsou managementově zanedbané se stínícími vzrostlými dřevinami. Tůně jsou plné organické materiálu, voda je zakalená s výskytem druhů rostlin indikující vysoký obsah živin (například okřehek).

Výskyt vzácných druhů je zde nepravděpodobný díky celkovému charakteru biotopů a jejich umístění v krajině. Riziko managementového poškození biotopu a vymizení vzácných organicmů je velmi malé. Obnova je velmi žádoucí a může být i většího a razantnějšího charakteru. Při obnově se snažíme lokalitu prosvětlit vykácením částí dřevin z jižní strany tůní, které využijeme pro budování úkrytů a zimovišť. Dřeviny na okrajích území zachováváme jako částečnou bariéru nebo ochranu proti průniku chemických postřiků ze zemědělské činnosti. Pokud je to nutné, snažíme se zabránit přísunu splachů z polí budováním ochranných valů. U lokalit obklopených polem je ideální ustanovit nebo založit kolem dokola ochranné méně intenzivně obhospodařované pásmo. Tůně zbavujeme nánosů a v případě podezření na výskyt kontaminantů (rozbor) odstraněný materiál odvážíme mimo lokalitu. U tůní vytváříme mělké zóny s bohatým mikroreliéfem dna. Zásah může být nárazový a hromadný v rámci jedné akce.

2. Lokality ve středně intenzivně obhospodařované krajině (pastviny) s možným výskytem vzácných druhů

Jedná se zpravidla o lokality, které byly ještě relativně nedávno biologicky hodnotné. Vlivem nedostatečné péče a vhodného obhospodařování se však nacházejí v určité fázy degradace. Potenciál výskytu převážně zbytkových populací vzácných a chráněných druhů je pravděpodobný, což musí být zohledněno při následném plánovaném managementu, jehož základem musí být biologické průzkumy (viz dále). 

3. Lokality v zachovalé krajině, často v chráněných územích, vojenských újezdech a na podobných přírodně cenných místech s vysokým potenciálem nebo jistým a známým výskytem vzácných a ohrožených druhů

Obnova  a management by měl vycházet z bionomie zde se vyskytujících vzácných a chráněných druhů. Měl by být ušit "na míru" tomu kterému organismu, který je předmětem našeho zájmu a jehož výskyt je vysokou zárukou potenciálního výskytu jiných vzácných druhů nebo jehož výskyt indikuje určitou úroveň kvality biotopu (tzv. deštníkový druh). Management tak může zahrnovat i speciální zásahy (například mikrotůně nebo řízené vypalování) nebo se určitý zásah provádí v jiném rozsahu, jiným způsobem a/nebo v jiném období než u zásahů obecných (viz bod 1 výše). Podle znalosti rozčlenění lokality na jednotlivé biotopy a konkrétní rozmístění jedinců (populací) druhů našeho zájmu můžeme management více cílit a v každé části lokality jej provádět poněkud odlišným způsobem právě v závisloti na konkrétním výskytu a maximalizovat tak pozitivní efekt na lokalitu jako celek.

Na lokalitách musí docházet v řádu několika málo let k pravidelnému nebo nepravidelnému postupnému cyklickému obnovování alespoň části tůní, pro udržení jejich trvalé existence v širokém spektru různých fázích zazemnění. To je důležité pro podporu druhové rozmanitosti - nabídnou široké spektrum mikrobiotopů a existenčních podmínek. Mechanické obnovování a "narušování" je ale svými důsledky dvojsečné. Primárně zcela zřejmě a nevyhnutelně dochází nebo může docházet k přímému usmrcování jedinců zájmových i jiných druhů. To je ovšem vykompenzováno obnovou vhodných existenčních podmínek a následnou početní regenerací přímo závislou na této obnově. Obnova tůní je tak z dlouhodobého hlediska klíčem k dlouhodobému přežívání řady organismů. Samozřejmostí je snaha o minimalizaci negativních důsledků zásahů volbou vhodné metodiky a vhodně zvoleného období roku k provádění vlastního zásahu. Musíme se tedy nutně myšlenkově a pocitově přenést přes nevyhnutelný negativní vliv dopadající na část jedinců ve prospěch celé populace. Přímý negativní vliv zásahu je zcela evidentní. Na druhou stranu ne zrovna optimální stav lokality daný zanedbanou péčí je méně zřejmý a méně "bolestivý". Zde jsou negativní dopady svojí podstatou méně zjevné dané časovou plíživostí a neexistencí mrtvých jedinců. Negativním důsledkem je v těchto případech nenarození jedinců nových, nikoli jejich ztráta. V tom spočívá záludnost absence vhodného managementu a samovolný vývoj lokality (sukcese).

Obnovit nebo neobnovit tuto tůň? V zásadě platí že nikoli, pokud máme možnost vybudovat v blízkosti tůň novou. V opočném případě obnovíme pouze část tůně.

Řada druhů organismů obývající tůně vykazuje tzv. metapopulační dynamiku. Jde o stav, kdy tůně představují jakési "ostrovy", kde dochází vlivem přirozených procesů (např. vyschnutím) k lokálnímu vymizení jedinců v části tůní. Po obnovení přijatelných podmínek dochází následně k migraci jedinců do těchto tůní z míst, kde přežili. Obnova tůně tak může představovat příčinu lokálního vymizení jedinců v obnovované tůni. Zásah člověka a jeho primárně negativní vliv tak může pouze simulovat svými důsledky přirozený proces, se kterým se populace setkává a musí se s ním vyrovnávat tak jako tak. Současně je nutné mít při plánování a managementu tůní na paměti, aby na lokalitě byl dostatek "ostrovů", ve kterých budou jedinci v dostečném množství přežívat a budou schopni se šířit zpět do obnovených tůní. V dalším kole obnovování tůní bude docházet k opačnému směru migrace z již obnovených tůní do obnovovaných. To je ten důvod, proč musí docházet k obnově jen malé části tůní (nebo plochy). Obnovou všech nebo většiny tůní naráz zlikvidujeme většinu jedinců. Do obnovených tůní se pak nebudou moci odnikud vrátit nebo jejich počet bude tak malý, že bude vysoce náchylný na úplné vymizení.

Jakémukoli zásahu nebo plánovaného managementu by měl předcházet biologický průzkum lokality. Na základě průzkumu by měl být vyhotoven managementový plán, který maximálně podpoří biologickou hodnotu lokality. Čím je průzkum pečlivější a hlubší a čím více je zaměřen na co nejširší spektrum organismů, tím lépe. Detainí průzkum přináší více informací pro kvalitnější, přesnější a potenciálně úspěšnější plánovaný management. Při praktickém průzkumu ale narážíme na limity finanční a odborné. Odborným limitem míníme nedostatek specialistů zejména na méně "atraktivní" skupiny organismů. Prakticky je provedený průzkum vždy jenom odhadem kvality a reálné biologické hodnoty území. Standardně by měl být průzkum zaměřen na vodní rostliny, obojživelníky, měkkýše a vodní bezobratlé, zejména brouky a vážky. U těchto skupin známe často jejich nároky na prostředí, což je podmínkou a pomáhá nám vytvořit vhodný management. Podrobný biologický průzkum se sledováním  charakteru výskytu v zájmovém prostoru také může pomoci přesněji a cíleně vyspecifikovat managementové zásahy (nebo naopak ustanovení bezzásahových zón), což opět vede k maximální podpoře druhové rozmanitosti. Při plánovaném provádění managementu si nikdy nemůžeme být jisti, že svým zásahem nezpůsobíme vymizení určitých organismů. Průzkumy a plánováním však můžeme toto riziko výrazně eliminovat. Na druhou stranu je potřeba si uvědomit, že nečinností je riziko vymizení řady druhů daleko větší.

Na nových lokalitách s počínajícím managementem upřednostňujeme spíše budování tůní nových před obnovou tůní stávajících. To za předpokladu, že k tomu nebude docházet na úkor suchozemckých biotopů. Při plánování managementů tůní je tak nutno zhodnotit celé území, ne pouze tůně. Tímto způsobem zajistíme přežívání maximálního počtu druhů a jedinců a současně jim nabídneme nový existenční prostor, na který se mohou šířit, stabilizovat svojí existenci a snížit riziko vymizení. Vybudováním nových tůní rozšíříme nabídku nových biotopů pro další druhy, které upřesnostňují tyto nádrže. V dalších fázích managementu se může přistoupit k cyklickému obnovování tůní. Základem biologicky hodnotných lokalit je nabídka širokého spektra biotopů, což zahrnuje i stav široké nabídky tůní v různých stádiu jejich zániku. Cílem je nabídnout na každé lokalitě v každém časovém okamžiku tůně v různé fázi tohoto zániku. Některé druhy preferují čerstvě vybudované a plně osluněné nádrže s holým dnem, jiné naopak konečné fáze zániku, kdy už v tůni není prakticky ani voda, je plná sedimentů, listí, větví a je zcela ve stínu okolních dřevin. Všechny tůně ve všech fázích mají svůj význam! Je tak vhodné část tůní obnovovat často, některé po více letech a některé nechat zcela zazemnit.

Zejména obnova větších tůní by neměla být kompletní v rámci jednoho zásahu nebo jedné plánované akce. Obecně lze doporučit, aby nejméně 1/3 až 1/2 tůně byla ponechána bez zásahu.

Obnovované tůně nejsou svých obecným charakterem odlišné od nově budovaných tůní. Základní důležité vlastnosti jsou stejné - rozsáhlé mělčiny, bohatý reliéf dna, pozvolné břehy, velké kolísání vodní hladiny (široká zóna pravidelného zaplavování a vysychání) a vysoká míra oslunění. Obnovená tůň nebo její část by si měla zachovat svůj původní charakter. Základním nešvarem obnovování je nežádoucí neúměrné problubování tůní, tedy odstraňování materiálu dna, nikoli pouze spadaného a naneseného materiálu. To je v zásadě nežádoucí a škodlivé. Nejdůležitejší zóna jsou mělké partie do 10 - 20 cm hloubky a zóna přechodu na souš. Prouhloubením tůně nedocílíme její zkvalitnění. Často můžeme u zcela zarostlé tůně, kde už není v podstatě na první pohled vidět vodní hladina nabýt dojmu, že je nutné ji pomoci prohloubením. To je zásadní omyl a ve svém důsledku to může vést ke zbytečnému poškození tůně. S tím často souvisí i zvyšování strmosti břehů. Jen mírně svažité tůně v kombinaci s velkým kolísáním vodní hladiny zaručuje širokou zónu přechodu mezi vodou a souší s pravidelným zaplavováním a vysycháním, tedy nejkvalitnější zónu tůně pro vzácné organismy. Obdobně je nevhodné prohlubovat tůně, které pravidelně i nepravidelně vysychají. Docílíme tak vyšší míru přetrvávání vody, což znamená změnu podmínek a ve výsledku vymizení druhů závislých na vysychání. Více o této problematice naleznete v sekci Hloubka a úroveň vodní hladiny.

Neexistuje období, které je pro obnovování tůní ideální s ohledem na eliminaci přímého negativního vlivu na zde žijící organismy. V každém období roku se v tůni nějaké organismy vyskytují a svým zásahem je ovlivňujeme. Přesto je vhodné zásahy provádět v pozdně letním a časně podzimním období, tedy v srpnu až říjnu. To již žada organismů dokončila svoje rozmnožování a vývoj a opustila vodní prostředí. Současně se zde ještě nevyskytují organismy, které budou v tůni trávit zimu. Ideální je obnovovat tůň, která kompletně přirozeně vyschla. I ve vyschlé tůlni přežívá řada organismů (zahrábána ve dne), řada organismů ale buď přirozeně zahynula nebo se přestěhovala do tůní s vodou. Tím je opět eliminován náš negativní vliv na organismy. Obnova tůně na sucho je provedena kvalitněji. Voda nepřekáží při detailním modelování členitého dna a současně neztěžuje odstraňování sedimentů. Pokud je v obnovované tůni přítomna voda, je vhodné ji odstranit. Ideálně postupně (v řádu několika dnů), aby se organismy mohly nové situaci přizpůsobit, zejména se přestěhovat. Někdy toto nění možné a jsme nuceni obnovit tůň za přítomnosti vody (trvalé nivní tůně a slepá ramena).

V poslední době se setkáváme s akcemi dolévání vody do vysychajících tůní za účelem záchrany zde se vyskytujících organismů, zejména obojživelníků. Na první zejména laický pohled se to může zdát logické opatření, kterým "pomůžeme přírodě". Je nutno říci, že se jedná o krajně nežádoucí zasahování do vývoje tůně. Uhynutí organismů vlivem sucha je přirozený proces, který tyto druhy formuje. V přírodě navíc nic nepřijde nazmar. Uhynulá těla posluží jako potrava jiným organismům. Aby mohlo něco žít, musí něco zemřít.